Altötting đã là một trong những khu vực ban đầu của Bayern. Khu vực này đã có các bộ lạc Bayernn định cư ngay sau khi người La Mã rút lui. Dưới thời trị vì của công tước Tassilo III (748-788) địa danh Ötting đã được đề cập lần đầu tiên (các thị xã Altötting và Neuötting lấy tên từ địa danh này). Vào thế kỷ 9, vùng này đã trở thành một trung tâm tôn giáo với các nhà thờ và tu viện. Vào thế kỷ 15, khu vực này trở thành một địa điểm hành hương.

Huyện Altötting đã được lập năm 1837. Giáo hoàng Biển Đức XVI đã được sinh ra tại đây năm 1927 ở làng Marktl.

Trái tim của nhiều nhà cai trị Bayern được chôn cất ở nhà thờ nhỏ Mercy giữ quảng trường thị xã.